विशेष आर्थिक क्षेत्र प्राधिकरण (तत्कालीन विशेष आर्थिक क्षेत्र विकास समिति) २०६०/१०/१५ मा उद्योग मन्त्रालय (MoI)/(GoN) अन्तर्गत स्थापना गरिएको थियो। यो विशेष आर्थिक क्षेत्र कानून र सान्दर्भिक नियम र विनियमहरू तयार गर्न, देशका विभिन्न क्षेत्रहरूमा विशेष आर्थिक क्षेत्रहरू स्थापनाको लागि पूर्व-सम्भाव्यता र सम्भाव्यता अध्ययनहरू सञ्चालन गर्न र नेपालभरि विशेष आर्थिक क्षेत्रहरूमा आवश्यक पूर्वाधार निर्माण गर्नको लागि हो। SEZ गठन आदेश २०६९ अन्तर्गत SEZ को गठन गरिएको थियो।

हाल, SEZA ले विशेष आर्थिक क्षेत्र ऐन, २०७३ र विशेष आर्थिक क्षेत्र नियमन, २०७४ को नाममा आफ्नो विशेष कानून, नियम र परियोजना प्रस्ताव पुस्तकहरू प्रकाशित गरेको छ। यो प्रारम्भिक स्थल पहिचान, प्राविधिक र वातावरणीय सम्भाव्यता अध्ययन, पहिचान गरिएका स्थलहरूको वित्तीय व्यवहार्यता, र भैरहवा, सिमरा र पाँचखालमा पूर्वाधार विकास कार्यहरूको लागि पनि जिम्मेवार छ।

सिमरा र भैरहवा सेज अहिले सञ्चालनको चरणमा छन्।